Archeologické múzeum je špecializovaným múzejným pracoviskom s celoštátnou pôsobnosťou. Zameriava sa na získavanie, evidenciu, reštaurovanie, uchovávanie, prezentovanie a publikovanie archeologických nálezov na území Slovenska od praveku až po vrcholný stredovek.

Balneologické múzeum v Piešťanoch sa venuje dejinám kúpeľov a kúpeľníctva na území Slovenska, ako aj histórii regiónu Piešťan.

Viac ako storočné Banícke múzeum v Rožňave je jednou z troch špecializovaných baníckych múzeí na Slovensku a plní funkciu okresného vlastivedného múzea. Jeho poslaním je zachovať nielen pamiatky baníctva a hutníctva, ale aj zbierky rôznych disciplín.

V Berggerichte, bývalom sídle Banského súdu, neskôr využívanom pre potreby Banskej akadémie, sa nachádza Mineralogická expozícia.