V súčasnosti má múzeum tri objekty: Kežmarský hrad, Expozícia meštianskej bytovej kultúry a Meštiansky dom využívaný ako výstavná sieň.
V Kežmarskom hrade sú inštalované tieto stále expozície:
- Praveké a stredoveké osídlenie Kežmarku a okolia
- Expozícia venovaná pamiatke rodiny Thököly
- Expozície venovaná kežmarskej židovskej komunite
- Cechy a remeslá
- Radničná miestnosť
- Historické zbrane
- Strelecký spolok
- Spolok spišských lekárov a lekárnikov
- Život a dielo MUDr. V. Alexandra
- Vyhliadková veža
- Dejiny Kežmarku od pol. 19. storočia
- Expozícia sakrálneho umenia
- Historické portréty zo zbierok múzea
- Hradná kaplnka
- Kežmarok a Tatry
Samostatná expozícia (nie je súčasťou bežnej prehliadky)
- Expozícia historických vozidiel